Противопоказаниями к применению Лактофильтрума являются: индивидуальная непереносимость препарата, непроходимость кишечника, желудочно-кишечные кровотечения, галактоземия. Нежелательно использовать препарат при обострении язвенной болезни желудка и 12-перстной кишки, атонии кишечника.